Hochaltar
An Kunstwerken ragt heraus der Hochaltar, entstanden 1728 bis1730 (Entwurf von Nikolaus Gottfried Stuber aus Tegernsee, ausgeführt durch Steinmetz Antonio Matteo, Schnitzarbeiten Johann Georg Greiff, Bild zum Thema „Ausgießung des Heiligen Geistes“ aus dem Vorgänger-Altar von Ulrich Loth von 1644).
Herz-Jesu-Altar
Die Seitenaltäre reihen sich an den Seitenschiffen – von hinten links der Marienaltar mit der Hammertaler Madonna (einer Holzfigur aus Tegernsee des 15. Jahrhunderts, einige Jahre verehrt am Hammertalerhof gegenüber der Kirche im Tal, von 1638 bis 1802 in der Augustinerkirche, nach deren Profanierung hierher nach Heilig-Geist transferiert und vom Volk sehr verehrt). Davor steht der Dreifaltigkeitsaltar mit einer Marienkrönung, der aus der abgebrochenen Kapelle am Dreifaltigkeitsaltar stammt. Davor steht neben dem Hochaltar der Herz-Jesu-Altar, zusammengesetzt aus mehreren im Krieg übrig gebliebenen Teilen des Festschmucks des Hochaltars und einem Herz-Jesu-Bild von Josef Hauber (?).
Immakulata-Altar
Auf der anderen Seite steht rechts vom Hochaltar der Immakulata-Altar mit einem Bild der Immakulata, einem Spätwerk von Andreas Wolff.
Josephsaltar
Dahinter neben der Türe zur Sakristei steht der Josephsaltar mit einem Bild der vierzehn Nothelfer (von Johann Heinrich Schönfeld) und einer barocken Josephs-Statue.
Gaben des Geistes
Sehenswert ist auch der neubarocke Aufgang zur Orgel in der hinteren Ecke, ebenfalls die neue, ungefasste Kanzel von Georg Chorherr aus dem Jahr 1953/57 mit dem Thema: „Der lehrende und wiederkommende Christus.“ Besonders interessant sind die sieben Heilig-Geist Fresken entlang der Wände in den Seitenschiffen, die der Holländer Peter Horemans um 1730 gemalt hat. Sie stellen in Allegorien die sieben Gaben des Heiligen Geistes dar (das Mittelbild im linken Seitenschiff wurde im Krieg zerstört und ist durch Karl Manninger ergänzt).
Haupt-Deckenfresko
Höhepunkt der Malereien sind die Bilder im Mittelschiff von Cosmas Damian Asam zu den Themen: Über dem Hochaltar die Ausgießung des Heiligen Geistes, im Mittelbild die Gründung des Spitals „und dessen Auftrag, Pilgern und Bürgern, Kranken und Armen, Behinderten und Waisen Kost und Wohnung, Pflege und Liebe zu geben… drüber solche, die sich um die Insassen des Spitals kümmern, Seelsorger, Ärzte, Betreuer und um Spenden Bittende, gegen die Bildmitte zu die beiden herzoglichen Stifter, Ludwig I. der Kelheimer und Otto II. der Erlauchte“ (W. Brugger). Darunter gegen links der berühmte Brezenreiter.
Bild König David
Das letzte Asam-Bild zeigt König David mit der Harfe.
Die beiden 1888 angefügten Bilder zeigen: Die Wiederherstellung einer christlichen Staatsordnung gemäß der Bulle Leos XIII. und seiner Gewährsleute Augustinus, Maria, Thomas von Aquin und Franz von Assisi. Das letzte Bild über der Orgel zeigt die hl. Cäcilia, die Patronin der Kirchenmusik.
Bild Pieta
Im Eingangsbereich hinter dem Gitter (von Ferdinand Dürr 1734) sind in die Wand eingelassen das Bronzegrabdenkmal für Herzog Ferdinand von Bayern (+ 1608 von Hans Krumper 1610) und eine Grabplatte für seine bürgerliche Ehefrau Maria Pettenbeck + 1614. Die beeindruckende Pietà in der südlichen Ausgangshalle schuf Johannes Huber 1910.
