Im 13. Jahrhundert, als die Städte in unseren Landen wuchsen und immer bedeutender wurden, vermehrten sich auch die gesellschaftlichen Probleme. Viele Alleinstehende waren auf die Hilfe anderer angewiesen, wenn sie krank oder gebrechlich oder auch nur alt wurden . Adelige und Bürger taten sich zusammen und gründeten vor den Toren der Stadtmauer Spitäler, meist „Heilig-Geist-Spital“ genannt. Sie bestanden gewöhnlich aus einem Kirchenraum, dessen erweitertes Presbyterium Krankensaal war. Dort standen die Betten der Kranken, Behinderten, Armen, Alten, Fremden und auch der Heimatlosen, die Unterkunft brauchten.
Gemäß dem Paulus-Wort in Kol 1,24 „Jetzt freue ich mich in den Leiden, die ich für euch ertrage. Ich ergänze in meinem irdischen Leben, was an den Bedrängnissen Christi noch fehlt an seinem Leib, der die Kirche ist“. Die Leiden der Hilfsbedürftigen werden als „Für-Leiden“ und damit als sinnvoll definiert, wodurch diese Armen und Leidenden der Gemeinschaft der Glaubenden einen Dienst erweisen. Sie leiden nicht sinnlos, sie sind wichtige Fürbitter. Zugleich wird der Dienst an ihnen als „Gottes-Dienst“ erkannt. Diese Werke der Barmherzigkeit zeigen das göttliche Wirken des Heiligen Geistes in der Welt.
Aus diesen Motiven heraus gründete Herzog Ludwig I. der Kelheimer (1183-1231), etwa gegen 1208, vor dem Talburg-Tor ein Spital bei einer vermutlich schon vorhandenen Katharina-Kapelle. Hier vor der alten Stadtmauer siedelten sich in den folgenden Jahren viele Menschen an, wohl mehrheitlich arme Menschen. Daher errichtete man 1271 bei dieser Kirche, zusätzlich zu St. Peter und der Liebfrauenkirche, eine dritte Münchner Pfarrei „Zum Heiligen Geist“. Ein großer Stadtbrand im Jahre 1327 vernichtete Spital und Kirche. Ein Neubau wurde errichtet, und zwar nach der modernsten Gestalt einer spätgotischen Hallenkirche, deren Seitenschiffe gleich hoch wie das Mittelschiff sind und deren Presbyterium in die vordere Säulenreihe eingebunden ist, so dass ein Umgang um den Hauptaltar entstand. Obwohl schon bald Gottesdienst gefeiert werden konnte, zog sich die Vollendung des Baues bis 1392 hin.
Fast gleichzeitig entstand die erweiterte Stadtmauer, die diesen neuen Stadtteil einfriedete. Das Isartor war 1337 vollendet. Noch heute steht die damals errichtete Spital-Kirche. Sie ist in den Jahren 1724 bis 1730 von den Brüdern Asam, Matthias Schmidtgartner und Gottfried Stube ausgemalt, stuckiert und mit neuen Altären ausgestattet worden. 1885 bis 1889 erweiterte der Architekt Friedrich Löwel (nach Abriss des Spitalgebäudes neben der Westmauer) das Langhaus der Kirche um drei Joch, das Georg Biehl stuckierte und Ludwig Glötzle ausgemalt hat.
Im Zweiten Weltkrieg zerstörten mehrere Luftangriffe in den Jahren 1944 und 1945 die Kirche bis auf die Außenmauern. Von 1953 bis 1957 wurde sie unter Prälat Konrad Miller wieder aufgebaut, erhaltenen Fotographien folgend von Karl Manninger wieder ausgemalt, stuckiert von Josef Schnitzer und mit den noch vorhandenen bzw. ergänzten Kunstwerken geziert unter der Gesamtleitung von Erwin Schleich.
Daher ist heute der Zustand vor dem Zweiten Weltkrieg nahezu wieder hergestellt ist.
Ludwig Mödl